L’ENSFEA est administrée par un Conseil d’administration composé de 40 membres :
- des membres élus (représentants des personnels et des étudiants et stagiaires)
- des membres de droit (représentants de l’Etat et des collectivités territoriales)
- des membres extérieurs nommés par le Ministre de l’Agriculture (personnalités qualifiées ayant des liens avec les missions de l’école)
Les travaux du conseil d’administration sont préparés au sein de conseils consultatifs :
- le Conseil Scientifique (CS),
- le Conseil des Enseignants (CE)
- le Conseil de l’Enseignement et de la Vie Etudiante (CEVE)
- le Comité Social d’Administration (CSA)
